In mei 1940 viel Duitsland dan toch aan, waardoor we rechtstreeks bij de oorlog betrokken raakten. België vocht achttien dagen lang terug, maar Duitsland was te sterk en nam ons volledige land onder controle. Vanaf dan zou het meer dan vier jaar duren voor de BJB’ers opnieuw een magazine mochten ontvangen. “Toen wij in 1940 aan kardinaal Van Roey de nodige richtlijnen vroegen voor onze beweging, gaf hij ons de raad de uitgave van ons blad stop te zetten tot na de oorlog”, lezen we in De BJB-er van oktober 1944. De reden voor dat advies was simpel: doordat de Duitsers alles controleerden, konden de BJB’ers niet zomaar schrijven wat ze wilden. Ze zouden dus teksten moeten publiceren die goedgekeurd werden door de vijand, en dat zagen ze niet zitten.
De gewone BJB-werking kon wel nog even blijven draaien, maar dat veranderde in juli 1941. Alle verenigingen moesten vanaf dat moment aangegeven en goedgekeurd worden bij de bezetter. Zowel op nationaal, provinciaal als plaatselijk niveau weigerde de BJB dat te doen, “om zo duidelijk te maken dat we de Duitse bezetting niet erkennen. Daardoor werd de BJB officieel afgeschaft.” (De BJB-er, augustus 1946) Toch bleef de BJB verder werken, maar dan zonder zijn activiteiten of vergaderingen aan te melden. “Uit zelfrespect en onbuigbare fierheid verschenen we nooit openbaar als BJB’er op straat. Zonder toelating bleven we ook maandelijkse richtlijnen en honderden omzendbrieven sturen, en organiseerden we vormingen en studiedagen. Wij hebben dat alles gedaan, stil en bescheiden, maar zonder ooit te buigen voor de vijand, noch voor de landverraders.”
Het ledenaantal daalde in dat jaar ook sterk: de BJB ging van bijna 17.000 leden in 1940 tot slechts 13.600 in 1941. Maar het ondergrondse werk van de BJB bleek wel aan te slaan, want in de jaren daarna kwamen er steeds weer meer leden bij, tot wel 18.600 in 1943. Toch bleven de oorlogsjaren zeer hard. “Helden sneuvelden bij de eerste inval van de vijand, er zijn BJB’ers die door een kogel werden neergeveld ergens tegen een muur omdat ze hun geheimen niet wilden delen, en er zijn er honderden die naar de werkkampen van Duitsland werden gesleurd.” (De BJB-er, oktober 1944)